Saya es una chica de 16 anos con una vida completamente normal que vive en Okinawa, Saya no recuerda nada de su pasado y un dia, es atacada en la escuela por un monstruo (conocidos como Chiropteros) pero es salvada gracias a Hagi, un joven musico vestido de negro que lleva la mano derecha vendada. A partir de ese momento, Hagi comienza a vigilar a Saya y unos hombres con aspecto de agentes de alguna organizacion se aparecen en la casa de George (el padre adoptivo de Saya). Mas tarde, son atacados otra vez por un Chiroptero y le explican a Saya que ella es la encargada de destruir a esos monstruos y la entregan una Katana, pero Saya se niega a cogerla y George es herido al intentar protegerla. Es a partir de entonces cuando Saya intentara descubrir que esta sucediendo y poco a poco ira recordando cosas de su pasado.