Blue Dragon se centra en un mundo donde las sombras cobran vida propia. El protagonista de esta historia es un joven llamado Shu, quien tiene por sombra a un Dragon Azul, el cual repite los movimientos que el chico realiza. Shu, lleno de curiosidad por descubrir el significado de este Dragon que a todas partes le sigue, emprende un viaje con motivo de encontrar respuestas a sus preguntas. En el camino se encontrara con otros que comparten su particular sombra, pero representando criaturas diferentes, como un Tigre o un Murcielago. Estas criaturas le dan poderes a sus acompanantes. Lo cual, despertara aun mas su curiosidad y ganas por descubrir el origen de este misterio.