En un mundo donde la ciencia explica los poderes sobrenaturales los jovenes van a al escuela a aprender a mejorar sus habilidades innatas a traves de entrenamiento.
Misaka Mikoto es una de los esper Nivel 5 de la ciudad y aunque jugaba un papel secundario en las novelas de Index esta vez toma el rol de protagonista con un enfoque en Judgement y las intervenciones involuntariamente voluntarias de Mikoto en sus casos.